微生物數(shù)據(jù)庫，微生物公共數(shù)據(jù)庫

生物
2023-04-15

目錄
微生物數(shù)據(jù)庫有哪些
噬菌體鑒別菌落的方法
中國(guó)微生物資源數(shù)據(jù)庫
微生物公共數(shù)據(jù)庫
微生物的抗數(shù)據(jù)庫

微生物數(shù)據(jù)庫有哪些

一般來講有三個(gè)指數(shù)SV，MLSS和MLVSS

SV之前幾位都已說過。

MLSS就是一定曝氣池體積內(nèi)污泥的質(zhì)量。簡(jiǎn)單來講就是取一定體灶模積（100ml）的曝氣池混合液，用濾紙（或?yàn)V膜）過濾，然后烘干至恒重，測(cè)濾紙（濾膜）前后的質(zhì)量差，即污泥質(zhì)量，再除以取樣體積，結(jié)果以mg/L表示。

MLVSS是一定曝氣池體積內(nèi)有機(jī)質(zhì)的質(zhì)量，可以認(rèn)為就是微生物的量。因?yàn)榛钚晕勰嘤晌⑸锖鸵恍o機(jī)質(zhì)等亂七八糟構(gòu)成的，所以MLSS包括MLVSS和一些無機(jī)物質(zhì)。MLVSS的測(cè)量和MLSS相頃缺似，可用同一水樣。不同的是MLVSS在烘干之后需要在馬弗爐內(nèi)灼燒（將有機(jī)質(zhì)燃燒去除，剩下無機(jī)質(zhì)）。用MLSS減去剩下的無機(jī)質(zhì)就是雀辯辯MLVSS了。

具體實(shí)驗(yàn)做法還是到網(wǎng)上搜吧。

噬菌體鑒別菌落的方法

我國(guó)是生物多樣性最為豐富的國(guó)家之一，由于歷史的原因，從微生物資源的保藏?cái)?shù)量、保藏質(zhì)量，遠(yuǎn)遠(yuǎn)落后于日本、美國(guó)等生物多樣性不豐富的國(guó)家，對(duì)微生物資源的研究也與資源大國(guó)的地位不符，微生物資源收集、保存、研究的積累量偏低將成為微生物學(xué)研究及產(chǎn)業(yè)發(fā)展的瓶頸。微生物的類群多樣性最豐富，功能也多種多樣，微生物新種屬的發(fā)現(xiàn)認(rèn)知，將是一個(gè)長(zhǎng)期的過程。從巴斯德研究酵母發(fā)酵開戚輪始算人類有意識(shí)利用微生物資源開始的話，至今已有100多年的歷史，20世紀(jì)50年代后，則是大規(guī)模利用微生物資源的黃金期，并且取得了輝煌的成就。80年代以后，由于分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展，才意識(shí)到我們所認(rèn)識(shí)的微生物僅僅是實(shí)有數(shù)的1%～10%，甚至不到千分之一。例如，我們所知道的真菌僅占5%，實(shí)際可能有150多萬種，所知道的細(xì)菌僅占12%，實(shí)際可能有4萬種。如果說我們所認(rèn)識(shí)到的微生物資源僅占實(shí)有數(shù)的10%，實(shí)際被人們利用的不到0.1%，對(duì)微生物功能多樣吵吵性的認(rèn)識(shí)有待于進(jìn)一步加強(qiáng)，微生物的開發(fā)利用有巨大的提升空間。ICCC-11會(huì)議上的微生物生態(tài)型（phenotype）的提出，對(duì)于理解、研究微生物資源的多樣性具有深刻意義。

我國(guó)的微生物菌種資源保藏開展時(shí)間較早，但發(fā)展過程比較曲折。我國(guó)近代微生物菌種保存始于上個(gè)世紀(jì)20年代，但只有零星的菌種存放在有關(guān)釀造實(shí)驗(yàn)室，建國(guó)之前，國(guó)家一直處于戰(zhàn)亂時(shí)期，對(duì)微生物種質(zhì)資源收集、保藏工作不重視，沒有專門的機(jī)構(gòu)，菌種保藏、檢測(cè)、鑒定技術(shù)及設(shè)施相當(dāng)落后，將數(shù)量比較多的菌種資源加以收集、保存，則是30年代后期方心芳先生在黃海化學(xué)工業(yè)研究社進(jìn)行的。建國(guó)后一些研究單位相繼成立了微生物菌種保藏組，如中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院土壤肥料研究所，收集以根瘤菌以微生物肥料、農(nóng)用抗生素等農(nóng)業(yè)微生物菌種中國(guó)醫(yī)藥生物制品檢定所，收集醫(yī)學(xué)細(xì)菌微生物菌種等。1979年，在原國(guó)家科委的組織領(lǐng)導(dǎo)下，召開了第一屆全國(guó)菌種保藏會(huì)議，成立了中國(guó)微生物菌種保藏管理委員會(huì)，成立了6個(gè)專業(yè)性保藏管理中心。1984年7月，召開了第二屆全國(guó)菌種保藏會(huì)議，成立了第七個(gè)專業(yè)性保藏管理中心，分別是普通微生物、農(nóng)業(yè)微生物、工業(yè)微生物、獸醫(yī)微生物、林業(yè)微生物、醫(yī)學(xué)微生物、抗生素（后改為藥用微生物）菌種中心，7個(gè)中心在各自專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)收集、鑒定、評(píng)價(jià)、保藏、供應(yīng)微生物菌種，并承擔(dān)國(guó)際交流任務(wù)。此后教育部與國(guó)家海洋局成立典型培養(yǎng)物和海洋微生物菌種保藏管理中心。在我國(guó)除分布有以上9個(gè)微生物菌種保藏管理中心外，一些大學(xué)、研究所的科研人員，也從事專業(yè)、特色微生物菌種資源的收集、鑒定、保藏工作，如中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)根瘤菌微生物菌種保藏中心等。自2003年開始，在微生物項(xiàng)目組的組織協(xié)調(diào)下，在全國(guó)范圍內(nèi)形成了以9個(gè)中心為核心，以專業(yè)特色收集、保藏、鑒定為支撐的微生物菌種資源共享服務(wù)網(wǎng)絡(luò)，多次出版菌種目錄，開發(fā)建設(shè)了10個(gè)網(wǎng)站，以及數(shù)據(jù)庫檢索，長(zhǎng)期以來，一直有專門的科技人員從事微生物菌種的鑒定、保藏、評(píng)價(jià)、供應(yīng)以及共享交流等服務(wù)。

參與項(xiàng)目建設(shè)的單位隸屬于農(nóng)業(yè)部、教育部、中國(guó)科學(xué)院等8個(gè)部門，參與項(xiàng)目建設(shè)的80余個(gè)課題單位，分布于23個(gè)省27個(gè)城市。共計(jì)約有970余人參與項(xiàng)目工作，在項(xiàng)目人員組成中，其中，高級(jí)職稱人員470余人，中級(jí)職稱人員280余人，初級(jí)職稱人員140余人，其他人員80人，其中博士260余人，碩士240余人，學(xué)士280人，其他學(xué)歷180余人。

根據(jù)《微生物菌種資源共性描述規(guī)范》，結(jié)合微生物菌種保藏工作的需要，并參考OECD的BRC工作組建議的微生物菌種數(shù)據(jù)信息內(nèi)容，由項(xiàng)目承擔(dān)單位完成與E-對(duì)應(yīng)的統(tǒng)一數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、統(tǒng)一功能的微生物菌種資源信息管理模塊的開發(fā)工作，提供項(xiàng)目參加單位使用。該模塊包括微生物菌種資源信息數(shù)據(jù)庫、培養(yǎng)基數(shù)據(jù)庫、文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫和資源管理單位信息數(shù)據(jù)庫，共包括111個(gè)數(shù)據(jù)項(xiàng)，涵蓋了菌種名稱、來源、生物安全、用途、培養(yǎng)及保藏方法、共享利用、文獻(xiàn)、分類學(xué)特征（形態(tài)、理化性狀、化學(xué)和分子特征）、以及資源管理單位信息等多個(gè)方面，80%以上的資源進(jìn)行了數(shù)據(jù)化管理。并根據(jù)實(shí)際應(yīng)用情況、共性描述標(biāo)準(zhǔn)的修訂、以及E-的需高碰信要，不斷進(jìn)行調(diào)整和功能完善。此外，項(xiàng)目組根據(jù)“擇需擇重”的原則，項(xiàng)目組開發(fā)了細(xì)菌、酵母、放線菌、小型絲狀真菌、食用菌、病毒等數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)庫。

中國(guó)微生物資源數(shù)據(jù)庫

野生食藥用菌大數(shù)據(jù)庫。

由廣東省科學(xué)院微生物研究所構(gòu)建的野生食藥用菌大數(shù)據(jù)庫是目前國(guó)內(nèi)最大的野生食藥用菌數(shù)據(jù)庫，共存有標(biāo)本25000多份，菌種悉緩10000多株。

數(shù)據(jù)庫初步分析了野生食藥用菌的發(fā)生及分布規(guī)律，以及種屬與地理和氣候的關(guān)聯(lián)性，據(jù)此篩選、馴化及推廣應(yīng)用了一批優(yōu)質(zhì)的食藥用菌菌種。運(yùn)用多組學(xué)技術(shù)對(duì)重亂帶要的食藥用菌如靈芝、灰樹花等開展抗腫瘤、降血糖、降血脂機(jī)理研究，明確了其作用功效的物質(zhì)基礎(chǔ)及機(jī)制，為嘩陸蘆食藥用菌精深加工奠定了理論支撐。

微生物公共數(shù)據(jù)庫

如何對(duì)一株微生物進(jìn)行分類鑒定和命名

（1）常規(guī)鑒定

常規(guī)鑒定內(nèi)容有形態(tài)特征和理化特性。形態(tài)特征包括顯微形態(tài)和培養(yǎng)特征；理化特性包括營(yíng)養(yǎng)類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應(yīng)、酶反應(yīng)和血清學(xué)反應(yīng)等。（2）BIOLOG碳源自動(dòng)分析鑒定

BIOLOG鑒定以微生物對(duì)不同碳源的利用情況為基礎(chǔ)，檢測(cè)微生物的特征指紋圖譜，建立與微生物種類相對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫。通過將待測(cè)微生物與數(shù)據(jù)庫參比，得出鑒定結(jié)果。（3）分子生物學(xué)鑒定

提取細(xì)菌基因組DNA，然后PCR擴(kuò)增16srDNA片段并測(cè)序，將結(jié)果與GeneBank或者Eztaxon對(duì)比分析，一般序列相似度在97%以上就可以認(rèn)為是同種細(xì)菌，該方法也是目前微生物分類學(xué)研究普遍采用的鑒定方法。——源自